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      基于粗糙集和PSO、遺傳算法的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建方法

      2017-12-09 | rar | 0.73 MB | 次下載 | 1積分

      資料介紹

      　　MicroRNA（ miRNA）是一類大小為21 - 25 nt的內(nèi)源性非編碼小核糖核酸（RNA），通過與mRNA的3’一UTR互補(bǔ)結(jié)合，導(dǎo)致mRNA降解或翻譯抑制來調(diào)控編碼基因的表達(dá)。為了提高構(gòu)建基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的準(zhǔn)確度，提出一種基于粗糙集、融合粒子群（ PSO）和遺傳算法（GA）的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建方法（PSO-（;A-RS）。該方法首先通過對(duì)序列信息進(jìn)行特征提??；然后采用粗糙集的依賴度作為適應(yīng)度函數(shù)，融合粒子群和遺傳算法選出較優(yōu)的特征子集；最后使用支持向量機(jī)（SVM）建立模型，預(yù)測未知的調(diào)控關(guān)系。在擬南芥數(shù)據(jù)集上進(jìn)行實(shí)驗(yàn)，相比基于粗糙集和粒子群優(yōu)化的特征選擇方法和Rosetta算法，所提方法的預(yù)測準(zhǔn)確率、F值和受試者工作特征（ROC）曲線面積最多能提高5%，在水稻數(shù)據(jù)集上最多能提高8%。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明所提方法能夠比較準(zhǔn)確地預(yù)測miRNA和靶基因之間的調(diào)控關(guān)系。

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