Nanodcal是一款基于非平衡態格林函數-密度泛函理論（NEGF - DFT）的第一性原理計算軟件，主要用于模擬器件材料中的非線性、非平衡的量子輸運過程，是目前國內擁有自主知識產權的基于第一性原理的輸運軟件?？深A測材料的電流 - 電壓特性、電子透射幾率等眾多輸運性質。

迄今為止，Nanodcal 已成功應用于1維、2維、3維材料物性、分子電子器件、自旋電子器件、光電流器件、半導體電子器件設計等重要研究課題中，并將逐步推廣到更廣闊的電子輸運性質研究的領域。

本期將給大家介紹Nanodcal分子電子學3.1.1.1-3.1.1.2.1的內容。

3. 分子電子學

3.1. 分子器件模擬

該器件由與兩個金（111）表面接觸的二硫醇苯（DTB）分子（有時也稱為苯二硫醇，BDT）組成。這是一種經典的分子裝置，有時也稱為分子電子學的果蠅，并且已經報道在許多出版物中，例如參見[STB+03][TJ05]及其參考。

本教程的結構模型如下：

圖 3-1：

3.1.1. 平衡態計算

3.1.1.1. DeviceStudio構建幾何結構

（1）打開DeviceStudio，新建目錄builder_device。

（2）從數據庫中導入builder_device，坐標文件builder_devic.hzw如下：

（3）建立nanodcal自洽計算所需的輸入文件，如下：

Simulator→Nanodcal→SCFCalculation→Generatefile。設置參數K點改成55100，然后點擊Generatefile。其他參數默認。產生自洽計算的輸入文件scf.input及基組文件Au_LDA-DZP.nad，C_LDA-DZP.nad，H_LDA-DZP.nad，S_LDA-DZP.nad。

3.1.1.2. 自洽計算

3.1.1.2.1. 左電極的自洽計算

（1）準備輸入文件：scf.input及基組文件Au_LDA-DZP.nad。

（2）連接Nanodcal服務器：在JobManager所示界面中點擊設置按鈕，彈出MachineOptions界面，在該界面選擇中點擊New按鈕，彈出MachineSet界面，在該界面中填寫ComputerName、HostIp、port、Username、Password等一系列信息，點擊OK按鈕則在MachineOptions界面中添加了裝有Nanodcal的服務器。

圖 3-1：連接服務器操作界面

（3）自洽計算：在選擇nanodcal服務器后，選中scf.input右擊run后會出現以下界面如圖所示：

圖 3-2：Run界面

根據計算需要設置參數后點擊save按鈕保存相應的pbs腳本，然后點擊run進行計算。等待計算完畢后點擊JobManager所示界面中的Action下的下載按鈕下載NanodcalObject.mat文件。